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馬祖酒廠實業股份有限公司正式成立於1999年8月8日，董事會置董事九人，推選產生董事事長一人，並置監事三人。董事會下設南竿廠、東引廠及台北直營店，其經營型態以公司體制運作，為連江縣所屬的公營事業公司，肩負馬祖地區主要財源收入之重任。
馬祖酒廠南竿廠前身設址於復興村的「中興酒廠」，成立於1956年，循古法釀酒，早年以生產老酒、高粱酒及藥酒為主，隸屬馬祖戰地政務委員會。1970年擴建廠房於現址，更名為馬祖酒廠，始初具規模，產量逐年遞增。南竿廠以生產大曲、高梁、藥酒和陳年老酒最受歡迎，如今本公司推出的「元尊」高粱酒、陳年高粱系列產品，更是聲名遠播。
南竿廠窖藏於八八坑道中的馬祖老酒，由於存放時間超過20年，香醇柔順，口感特佳，2008年5月20日，被馬英九總統指定為總統副總統就職國宴酒，經國內各大媒體大幅報導，馬祖陳年老酒頓時聲名大噪，銷量大增。
東引酒廠草創於1956年冬，原名「中興酒廠東引分廠」，1961年東引指揮部接管更名為東引酒廠。1979年謝久任指揮官時，斥資新台幣1200萬元進行擴廠，至1980年7月竣工，始具備現代化酒廠規模。東引廠以釀製高粱酒為主，包括大曲酒、高粱酒及陳年高粱酒，早年曾經生產風濕酒、黃龍酒、百子千歲酒等各式藥酒，近年已停產。
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